口腔黏膜上皮細胞癌變過程基因表達變化研究.pdf

1、目的：根據(jù)已經建立的口腔黏膜上皮細胞體外癌變模型，檢測癌變過程細胞基因組的變化及基因表達的變化，尋找與癌變過程相關的基因組變化及相關的基因，并探討此細胞癌變相關基因與口腔鱗癌發(fā)生發(fā)展的相關性，為深入研究口腔鱗癌分子發(fā)病機制提供可靠的實驗數(shù)據(jù)。 方法：使用課題組前期建立的口腔黏膜上皮細胞體外癌變模型：人用生化口腔上皮細胞系HIOEC細胞，經化學致癌劑苯丙芘誘導后自56代開始具有裸鼠皮下成瘤特性的HIOEC-BaP(HB)細胞(取5

2、6代和96代細胞)，和經苯丙芘聯(lián)合促癌劑佛波酯誘導形成的不具備裸鼠皮下成瘤特性的HIOEC-BaP-TPA(HBT)(取47代和74代細胞)，經基因芯片(AffymetrixU133plus2.0)檢測，獲得此模型中各細胞癌變過程中的差異基因表達譜，由此數(shù)據(jù)中選擇了30條基因進行了RT-PCR驗證，通過倍數(shù)變化分析、GSEA分析、GO分類獲得該細胞癌變模型中差異基因表達譜的各種特征；繼而使用AffymetrixSNP芯片(HumanMa

3、pping500KArraySet)檢測HIOEC、HB-56p、HB-96p和HBT74p細胞在基因組水平的變化，并將表達譜數(shù)據(jù)與基因組的變異結合分析。選擇IGFBP3和GDF15兩個在細胞癌變模型中變化較大的因子在細胞癌變模型和臨床口腔癌組織標本中進行了進一步驗證。 結果：成功獲得該細胞癌變模型的基因表達數(shù)據(jù)，經過RT-PCR驗證發(fā)現(xiàn)該發(fā)現(xiàn)該組數(shù)據(jù)基本可靠，可以作為基因步研究的基礎；通過交集分析根據(jù)各基因的倍數(shù)變化將各差異表

4、達基因分布于由HIOEC細胞向HB-56p，繼而向HB-96p轉化的兩個過程中；根據(jù)各細胞有無成瘤性及成瘤能力的高低等特性分成數(shù)類，通過基因集合富集分析，找出在各種類別細胞中富集表達的基因集合，作為進一步研究該細胞模型癌變機制的假說；經過SNP芯片的檢測，發(fā)現(xiàn)HB細胞在3p12、3q25、5p15、11q14、14q22、15q25等染色體位點的基因擴增，以及在20q12、22q13、9q31等位點的基因缺失，結合基因表達數(shù)據(jù)進行GSE

5、A分析，可以發(fā)現(xiàn)該癌變模型基因組的異常與基因的表達狀態(tài)有密切關系。經過對IGFBP3和GDF15兩個因子在細胞癌變模型和臨床口腔癌組織標本中的驗證，初步發(fā)現(xiàn)兩種因子的表達和口腔鱗癌有一定關系；IGFBP3對于不成瘤的HIOEC細胞和有成瘤性的HB-96p細胞及口腔舌鱗癌細胞系Tca8113及TSCC增殖的影響是不同的。 結論：1.本研究獲得口腔黏膜上皮細胞體外癌變模型的基因表達數(shù)據(jù)，通過實驗驗證了其可靠性，通過生物信息學分析初步